ಅನಾಥಾಲಯಗಳಲ್ಲಿ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ ಕಡಿಮೆ ಇದ್ದರೂ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸುಳ್ಳು ಸಂಖ್ಯೆ ನೀಡಿ ಸರ್ಕಾರದಿಂದ ಹಣ ಪಡೆಯುವುದು, ಅನುಕೂಲಸ್ಥ ಹುಡುಗರಾಗಿದ್ದರೂ ಅವರು ನಿರ್ಗತಿಕರೆಂದು ಸರ್ಟಿಫಿಕೇಟ್ ಪಡೆಯುವುದು, ಜೊತೆಗೆ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿ
ಗಳಿಂದಲೂ ಹಣ ವಸೂಲಿ ಮಾಡುವುದು, ಅನಾಥಾಲಯಗಳ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸರ್ಕಾರದ ಗಮನಕ್ಕೆ ಬಂದಿರುವ ಅವ್ಯವಹಾರಗಳಾಗಿವೆ.