ಆ ನಂತರ ಅಬಕಾರಿ ಸಚಿವ ಆರ್.ಬಿ.ತಿಮ್ಮಾಪುರ ಅವರು ಭರತೇಶ್ ವಿರುದ್ಧ ತನಿಖೆಗೆ ಆದೇಶಿಸಿದ್ದರು. ಸಚಿವರ ಆದೇಶದಂತೆ ಇಲಾಖೆ ಹಿರಿಯ ಅಧಿಕಾರಿಗಳು ತನಿಖೆ ನಡೆಸಿದಾಗ ಭರತೇಶ್ ಅನಧಿಕೃತವಾಗಿ ಕರ್ತವ್ಯಕ್ಕೆ ಗೈರಾಗಿರುವುದು ದೃಢಪಟ್ಟಿತ್ತು. ಈ ಬಗ್ಗೆ ಅಧಿಕಾರಿಗಳು ಆಯುಕ್ತರಿಗೆ ವರದಿ ಸಲ್ಲಿಸಿದ್ದರು. ಆ ವರದಿ ಆಧರಿಸಿ ಆಯುಕ್ತರು ಭರತೇಶ್ರನ್ನು ಅಮಾನತು ಮಾಡಿ ಶನಿವಾರ ಆದೇಶ ಹೊರಡಿಸಿದ್ದಾರೆ.