ಈ ಹಿಂದೆ ಆಯೋಗದ ಅಧ್ಯಕ್ಷರಾಗಿದ್ದ ನ್ಯಾಯಮೂರ್ತಿ ಕೆ.ಎಲ್. ಮಂಜುನಾಥ್ ಅವರು ನಿಧನರಾದ ಬಳಿಕ, 10 ತಿಂಗಳಿನಿಂದಈ ಹುದ್ದೆ ಖಾಲಿ ಇತ್ತು. 2018ರ ಪೂರ್ವದಲ್ಲಿ ಮಹಾರಾಷ್ಟ್ರ–ಕರ್ನಾಟಕ ಗಡಿ ವ್ಯಾಜ್ಯದ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ರಾಜ್ಯ ಸರ್ಕಾರಕ್ಕೆ ಸಲಹೆ ನೀಡಲು ಗಡಿ ಆಯೋಗವೊಂದನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಎಚ್.ಡಿ. ಕುಮಾರಸ್ವಾಮಿ ಮುಖ್ಯಮಂತ್ರಿಯಾಗಿದ್ದ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ಈ ಆಯೋಗಕ್ಕೆ ಜಲವ್ಯಾಜ್ಯಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ನೀಡಿ, ಗಡಿ ಮತ್ತು ನದಿಗಳ ರಕ್ಷಣಾ ಆಯೋಗ ಎಂದು ಪುನರ್ ರಚನೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು.