ಚಂದ್ರಶೇಖರ್ ನಾಯಕ್ 2003 ರಿಂದ 2006 ರವರೆಗೆ ಪುತ್ತೂರಿನಲ್ಲಿ ಕೃಷಿ ಇಲಾಖೆ ಸಹಾಯಕ ನಿರ್ದೇಶಕರಾಗಿದ್ದು. ಬಳಿಕ 2006 ರಿಂದ 9ರವರೆಗೆ ಭಟ್ಕಳದಲ್ಲಿ, 2009ರಿಂದ 13ರವರೆಗೆ ಮುಂಡಗೋಡದಲ್ಲಿ ಸಹಾಯಕ ನಿರ್ದೇಶಕರಾಗಿ ಸೇವೆ ಸಲ್ಲಿಸಿದ್ದರು. ಬಳಿಕ ಬಡ್ತಿಹೊಂದಿ ಬೆಳಗಾವಿಯಲ್ಲಿ ಫರ್ಟಿಲೈಸರ್ ಕಂಟ್ರೋಲ್ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಉಪ ನಿರ್ದೇಶರಾಗಿ ಕರ್ತವ್ಯ ನಿರ್ವಹಿಸಿ, ನಂತರ 2013ರ ಸೆಪ್ಟೆಂಬರ್ನಿಂದ ಉಡುಪಿ ಜಿಲ್ಲೆಯಲ್ಲಿ ಕೃಷಿ ಇಲಾಖೆಯ ಉಪ ನಿರ್ದೇಶಕರಾಗಿ ಕರ್ತವ್ಯ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ.