ವಿ.ವಿಯು ದೇಶದಾದ್ಯಂತ ಹಾಗೂ ವಿದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಹ ಸಹಯೋಗ ಸಂಸ್ಥೆಗಳನ್ನು ತೆರೆದಿತ್ತು. ಈ ಸಂಸ್ಥೆಗಳಿಗೆ ದಾಖಲಾಗುವ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿಗಳ ದಾಖಲಾತಿ ಶುಲ್ಕ, ಪರೀಕ್ಷಾ ಶುಲ್ಕ ಹಾಗೂ ಇತರ ಶುಲ್ಕಗಳನ್ನು ವಿವಿಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಬೇಕಿತ್ತು. ಆದರೆ, 2013–14 ಹಾಗೂ 2014–15ರ ಆರ್ಥಿಕ ವರ್ಷದ ಲೆಕ್ಕಪರಿಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಸಹಯೋಗ ಸಂಸ್ಥೆಗಳಿಂದ ₹50 ಕೋಟಿಗೂ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೊತ್ತದ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ನಾಪತ್ತೆಯಾಗಿರುವುದು ಕಂಡು ಬಂದಿತ್ತು ಎಂದು ಎಫ್ಐಆರ್ನಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ.