ಭ್ರಷ್ಟಾಚಾರದ ಆರೋಪ ಎದುರಿಸುತ್ತಿದ್ದ ಚೌಧರಿ ವಿರುದ್ಧ ವಿರೋಧ ಪಕ್ಷಗಳು ಹರಿಹಾಯ್ದಿದ್ದವು. ‘ಕಳಂಕಿತರಾಗಿರುವ ಚೌಧರಿ ಅವರನ್ನು ಸಂಪುಟಕ್ಕೆ ಏಕೆ ಸೇರಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ’ ಎಂದು ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ಜನತಾ ದಳ ಪ್ರಶ್ನಿಸಿತ್ತು.
ಐದು ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಭಾಗಲ್ಪುರ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯಕ್ಕೆ ಚೌಧರಿ ಅವರು ಕುಲಪತಿಯಾಗಿದ್ದ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಸಹಾಯಕ ಪ್ರಾಧ್ಯಾಪಕ ಮತ್ತು ಕಿರಿಯ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳ ನೇಮಕಾತಿಯಲ್ಲಿ ಅಕ್ರಮ ನಡೆದಿತ್ತು ಎಂದು ಆರೋಪಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಈ ಪ್ರಕರಣಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ 2017ರಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಮಿನಲ್ ಪ್ರಕರಣ ದಾಖಲಾಗಿತ್ತು.