ಅಯೋಧ್ಯೆಯಿಂದ ಹಿಂತಿರುಗುತ್ತಿದ್ದ, ಕರಸೇವಕರಿದ್ದ ರೈಲಿಗೆ 2002ರ ಫೆಬ್ರುವರಿ 27ರಂದು ಬೆಂಕಿ ಹಚ್ಚಲಾಗಿತ್ತು. ಘಟನೆಯಲ್ಲಿ 59 ಕರಸೇವಕರು ಮೃತಪಟ್ಟಿದ್ದರು. ಈ ಪ್ರಕರಣದಲ್ಲಿ ರಫೀಕ್ ಭಾಗಿಯಾಗಿದ್ದ ಎಂದು ಆರೋಪಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಗೋಧ್ರಾದ ಈ ಘಟನೆಯು ರಾಜ್ಯದಲ್ಲಿ ಕೋಮು ಗಲಭೆಗೆ ಕಾರಣವಾಯಿತಲ್ಲದೇ, 1,200 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಜನ ಕೊಲ್ಲಲ್ಪಟ್ಟರು. ಇದರಲ್ಲಿ ಬಹುತೇಕರು ಅಲ್ಪಸಂಖ್ಯಾತ ಸಮುದಾಯದವರೇ ಆಗಿದ್ದರು.