ಚೌಧರಿ, ಬಿಹಾರ ಕೃಷಿ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದ ಕುಲಪತಿಯಾಗಿದ್ದ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಧ್ಯಾಪಕರು ಹಾಗೂ ಸಹಾಯಕ ಪ್ರಾಧ್ಯಾಪಕರ ನೇಮಕಾತಿಯಲ್ಲಿ ನಡೆದ ಅಕ್ರಮದ ಕುರಿತು 2017ರಲ್ಲಿ ಅವರ ವಿರುದ್ಧ ಎಫ್ಐಆರ್ ದಾಖಲಾಗಿತ್ತು. ಇದಾದ ನಂತರ, ಜೆಡಿಯು ಅವರನ್ನು ಅಮಾನತುಗೊಳಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಅಂದು ವಿಪಕ್ಷದಲ್ಲಿದ್ದ ಬಿಜೆಪಿ ಈ ವಿಷಯವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿ ಪ್ರತಿಭಟನೆ ನಡೆಸಿತ್ತು.